Согласно пп. 1п. 5 ст. 169 НК РФ счет-фактура должен иметь порядковый номер, который указывается в строке 1.

Однако Налоговый кодекс РФ не устанавливает требования, по которым следует нумеровать счета-фактуры. Поэтому порядок присвоения номеров вы можете разработать самостоятельно и утвердить его в учетной политике для целей налогообложения.

С тем, как в учетной политике отражается порядок нумерации счетов-фактур, вы можете ознакомиться:

- на примере учетной политики организации, осуществляющей оптовую торговлю;

- на примере учетной политики организации, осуществляющей производственную деятельность;

- на примере учетной политики организации, осуществляющей строительную.

Например, счета-фактуры могут нумероваться в порядке возрастания с начала каждого календарного года. Такой способ нумерации является наиболее распространенным. Однако вы также можете присваивать счетам-фактурам номера и с начала квартала или месяца, если осуществляете многочисленные отгрузки товара.

Основная задача при этом - не допустить появления документов с одинаковыми порядковыми номерами, датированных одним числом.

Многолетняя практика выработала основные правила, на основании которых строится нумерация счетов-фактур:

- нумерация должна быть возрастающей и сквозной.

Согласно Постановлению N 1137 для счетов-фактур (в том числе авансовых) и корректировочных счетов-фактур предусмотрено ведение общей хронологической нумерации ( пп. "а" п.1  Правил заполнения корректировочного счета-фактуры, см. также Письма Минфина России от 16.10.2012  №03-07-11/427, от 10.08.2012  №03-07-11/284);

- период возобновления нумерации можно установить любым: день, месяц, квартал, год и т.д.;

- в состав номера могут входить не только цифры, но и цифры с буквами, разделительные знаки.

Например, для более четкого разграничения "авансовых" и "отгрузочных" счетов-фактур при нумерации счетов-фактур на авансы можно использовать литеру "А". И если счету-фактуре по отгрузке присвоен номер 1310-00015, то номер следующего за ним "авансового" счета-фактуры может выглядеть так: N 1310-00016-А.

Правила заполнения счета-фактуры прямо предусматривают два случая, когда номер счета-фактуры дополняется цифровым индексом  ( пп. "а"п. 1 Правил заполнения счета-фактуры):

1) реализация товаров (работ, услуг), имущественных прав через обособленные подразделения.

Номер счета-фактуры, составленного обособленным подразделением, через разделительный знак "/" (разделительную черту) дополняется цифровым индексом подразделения, который установлен в учетной политике организации ( абз. 3 пп. "а" п.1 Правил заполнения счета-фактуры);

2) реализация товаров (работ, услуг), имущественных прав участником товарищества или доверительным управляющим.

Номер счета-фактуры, составленного таким лицом, через разделительный знак "/" (разделительную черту) дополняется цифровым индексом, утвержденным участником товарищества (доверительным управляющим) для операций по конкретному договору простого товарищества (доверительного управления имуществом) (абз. 4 пп. "а" п.1 Правил заполнения счета-фактуры).

Например, номер счета-фактуры, выставленного обособленным подразделением организации, может выглядеть следующим образом: N 315/2.

По мнению Минфина России, в иных случаях разделительный знак не ставится (Письма от 22.05.2012 №03-07-09/59, от 14.05.2012 №03-07-09/50, от 15.05.2012 №03-07-09/52, от 15.05.2012  №03-07-09/53). В то же время Правила заполнения счета-фактуры не запрещают использовать разделительные знаки (разделительную черту "/") и (или) буквенные коэффициенты при нумерации счетов-фактур в случаях, которые не указаны в пп. "а" п.1 Правил.

Если допущены нарушения порядка нумерации, это не может являться основанием для отказа покупателю в вычете НДС. Ведь отказ правомерен, только если ошибки в счете-фактуре не позволяют налоговым органам идентифицировать продавца, покупателя, наименование товаров (работ, услуг), имущественных прав, стоимость товаров (работ, услуг), имущественных прав, налоговую ставку и сумму налога ( абз. 2 п.2 ст. 169 НК РФ, см. также Письма Минфина России от 22.05.2012 №03-07-09/59, от 14.05.2012 №03-07-09/50, от 15.05.2012 №03-07-09/52, от 15.05.2012  №03-07-09/53). Неправильная нумерация к таким нарушениям не относится.

Судебная практика, в частности, свидетельствует о том, что в вычете не может быть отказано по причине нарушения нумерации счетов-фактур.

Путеводитель по налогам. Практическое пособие по НДС.